John Lennon első felesége Cynthia Powell volt. 1962. augusztus 23-án házasodtak össze, a Liverpool-i Mount Pleasant anyakönyvvezetői hivatalban, a Beatles korszak kezdetén, ugyanis a lány teherbeesett Julian nevű fiukkal. A szertartáson Paul McCartney és George Harrison is részt vett, mint tanú. Az ifjú pár szerette volna titokban tartani az eseményt, de amint kiléptek a házasságkötő teremből, már a fél város tudta a nagy hírt. Cynthiával egyébként még iskolás korában ismerkedett meg, a Liverpool-i College of Art-ban, hiszen a lány is abban az iskolában tanult. 1967-ben aztán viszonyuk egyre jobban kezdett megromlani és végül 1968. november 8-án kimondták a válást. Egyetlen gyerekük, Julian volt.  

 John és Cynthia

 Lennon második felesége Yoko Ono volt. A lánnyal, aki néhány esztendővel idősebb volt nála, 1966-ban találkozott, Yoko egyik kiállításán. 1969-ben aztán házasságot kötöttek Gibraltáron. Az esküvőt titokban tartották meg. Yoko rendkívül nagy hatással volt Lennon zenéjére, főleg a Beatles utáni szólóévekben. Több híres slágert együtt írtak meg. A sajtó igen sokat foglalkozott magánéletükkel, Ono-t sokat megrágalmazták. Ezeket a különböző vádakat Lennon nem sokat tűrte el, és kiállt felesége mellett.Egyetlen gyerekük született. Sohasem váltak el.

John és Yoko